Supongo que todos hacemos esto (o pensamos en hacerlo) alguna vez cuando nos cuentan del BLAST. Y como ahora ya sé medio hacer algo con python, decidí, ahora sí, hacer secuencias aleatorias de ADN y ver qué salía (aleatoria dentro de las capacidades del random de python, claro).
Primero la apliqué con frecuencias iguales para todas las bases nitrogenadas, y longitudes de 100, 1000 y 10000. Y no salió nada o_o. Nice! Supongo que tiene que ver con este asunto de que la probabilidad de encontrarse secuencias tan largas es absurdamente pequeña... y pues con esto en mente, hice "primers" XD de 15 y 20. Y TADAAAA... awesome. Mi secuencia aleatoria de 15 empató mejor con diez bichos (me ahorro las itálicas porque así vienen en los resultados del BLAST):
1) Aspergillus nidulans FGSC A4 chromosome VII
2) Capnocytophaga ochracea DSM 7271, complete genome
3) Homo sapiens anaplastic lymphoma receptor tyrosine kinase (ALK)
4) Oligotropha carboxidovorans OM5 strain OM5, complete genome
5) Xanthobacter autotrophicus Py2, complete genome
6) Aspergillus niger CBS 513.88 hypothetical protein (An12g08000)
7) Aspergillus niger contig An12c0270, complete genome
8) Aspergillus nidulans FGSC A4 hypothetical protein AN1660.2
9) Homo sapiens BAC clone RP11-223F18 from 2, complete sequence
10) Homo sapiens genomic sequence surrounding NotI site, clone NL1-A
Aspergillus y Homo sapiens no me sorprenden. Ambos tienen genoma secuenciado y (supongo) bastante grandecito como para que saliera por azar. Pero las otras tres (2, 4 y 5) resultaron ser todas bacterias... o_o... ni idea de qué concluir. Los otros bichos que empatan hasta más o menos bien son diferentes (trigo, un dinoflagelado, un conejo, etc). Si se lo preguntaban, el primer es AGTCCGTTGTGACCC. Supongo que está 5' - 3' xD.
Lo siguiente fue con una secuencia de 20pb, que se supone es como el límite superior de los primers. La secuencia fue TGTTCTTGTCCGTGGAGTCC. En efecto, hubo calificaciones menores y fueron dos los principales:
1) Oryza sativa genomic DNA, chromosome 4
2) Oryza sativa genomic DNA, chromosome 4
Que son el arroz. Con una calificación algo menor, hubo bacterias, el chimpancé y el mosquito, entre otros.
En conclusión, mis "primers" salieron bastante inespecíficos, cuyas preferencias se me antojan absolutamente azarosas... es así como se hacen los RAPDs? alguien sabe?
Falta hacer esto con probabilidad de bases diferentes, pero tendría que ponerme a leer bien bien de modelos evolutivos... y ya son las 2am XD.
Primero la apliqué con frecuencias iguales para todas las bases nitrogenadas, y longitudes de 100, 1000 y 10000. Y no salió nada o_o. Nice! Supongo que tiene que ver con este asunto de que la probabilidad de encontrarse secuencias tan largas es absurdamente pequeña... y pues con esto en mente, hice "primers" XD de 15 y 20. Y TADAAAA... awesome. Mi secuencia aleatoria de 15 empató mejor con diez bichos (me ahorro las itálicas porque así vienen en los resultados del BLAST):
1) Aspergillus nidulans FGSC A4 chromosome VII
2) Capnocytophaga ochracea DSM 7271, complete genome
3) Homo sapiens anaplastic lymphoma receptor tyrosine kinase (ALK)
4) Oligotropha carboxidovorans OM5 strain OM5, complete genome
5) Xanthobacter autotrophicus Py2, complete genome
6) Aspergillus niger CBS 513.88 hypothetical protein (An12g08000)
7) Aspergillus niger contig An12c0270, complete genome
8) Aspergillus nidulans FGSC A4 hypothetical protein AN1660.2
9) Homo sapiens BAC clone RP11-223F18 from 2, complete sequence
10) Homo sapiens genomic sequence surrounding NotI site, clone NL1-A
Aspergillus y Homo sapiens no me sorprenden. Ambos tienen genoma secuenciado y (supongo) bastante grandecito como para que saliera por azar. Pero las otras tres (2, 4 y 5) resultaron ser todas bacterias... o_o... ni idea de qué concluir. Los otros bichos que empatan hasta más o menos bien son diferentes (trigo, un dinoflagelado, un conejo, etc). Si se lo preguntaban, el primer es AGTCCGTTGTGACCC. Supongo que está 5' - 3' xD.
Lo siguiente fue con una secuencia de 20pb, que se supone es como el límite superior de los primers. La secuencia fue TGTTCTTGTCCGTGGAGTCC. En efecto, hubo calificaciones menores y fueron dos los principales:
1) Oryza sativa genomic DNA, chromosome 4
2) Oryza sativa genomic DNA, chromosome 4
Que son el arroz. Con una calificación algo menor, hubo bacterias, el chimpancé y el mosquito, entre otros.
En conclusión, mis "primers" salieron bastante inespecíficos, cuyas preferencias se me antojan absolutamente azarosas... es así como se hacen los RAPDs? alguien sabe?
Falta hacer esto con probabilidad de bases diferentes, pero tendría que ponerme a leer bien bien de modelos evolutivos... y ya son las 2am XD.
3 comentarios:
Mounstro! locura cietífica indeed.
No es por eso precisamente que no nos gustan los RAPDS?, cuando el random no es tan ... agradable.
Jajaja ya quisiera yo ser 'mounstro' (como cierto individuo). Supongo, aunque no creo que sea taaaaaaaaaan grave el sesgo del método random si haces muchos primers no?
Monstruo (del latín monstrum) es aquella producción que está en contra del orden regular de la naturaleza. Es un término que se usa para cualquier caso de criatura fantástica, ficticia o legendaria que causa espanto (Wikipedia, 23/07/10).
Estamos hablando de quien? (respuesta por mail o txt)
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